新疆企业办理中长期外债备案的具体流程和注意事项如下：

明确需求与目标：企业应首先明确为何需要申请中长期外债，比如扩大生产、技术升级或海外项目等。

评估自身实力：全面评估企业的财务状况、经营业绩和信用评级，确保具备偿还外债的能力。

了解政策法规：深入了解国家关于外债管理的政策法规，包括外债规模、用途限制和审批程序等。

基本材料：包括营业执照、组织机构代码证、税务登记证等基本证件。

财务材料：提供经审计的近三年财务报表，包括资产负债表、利润表、现金流量表等。

线上注册及申报：自2020年11月1日起，企业需通过国家发展改革委的网络系统进行外债备案登记、信息报送等。

提交申请：完成线上填报后，将纸质版材料报送至指定的政务服务大厅或通过邮寄方式提交。

审核与反馈：政务服务大厅将进行形式审查，审查合格后由承办司局进行复审。

材料要求：申请材料需包括近三年及近一期的财务报告，过往中长期外债获批文件及额度使用情况，以及承销机构出具的尽职调查报告和真实性承诺函等。

间接借用外债：需遵循实质重于形式的原则，从财务指标、经营情况等方面进行判断。

外债监管：根据《企业中长期外债审核登记管理办法》（56号令），外债监管方式由事前备案登记、事后报送信息变更为事前审核登记、事后报送信息。

新疆企业在办理中长期外债备案时，需确保符合政策法规，准备完整的申请材料，并通过国家发展改革委的网络系统进行申请。同时，需注意外债的监管变化和材料要求，确保合规经营和风险管理。