重庆企业进行中长期外债备案的流程主要包括以下几个步骤：

准备阶段：企业需要根据自身的经营状况和发展战略，评估是否需要借用外债以及外债的规模和用途。同时，企业应评估自身的信用状况和还款能力，确保符合国家和地方关于外债管理的政策要求。

材料准备：企业需要准备包括但不限于以下材料：

企业基本情况材料，如企业营业执照、组织机构代码证、税务登记证、企业章程、内部决议文件等。

财务报表，包括资产负债表、利润表和现金流量表等。

外债合同及补充协议，明确借款金额、期限、利率、用途、还款方式等。

还款计划，展示企业如何按计划偿还外债。

提交申请：企业需通过国家发展和改革委员会的网上政务服务大厅提交备案申请，并将准备好的申请材料上传至网上政务服务大厅，同时将纸质版材料报送至政务服务大厅。

审核阶段：政务服务大厅窗口工作人员会对申请材料进行形式审查，确保材料齐全、规范。之后，承办司局将对材料进行实质审核。

风险管理：企业应加强对外债的风险管理，确保外债资金的使用和管理处于良好的法律和道德框架内。

需要注意的是，这些步骤和材料要求可能会根据最新的政策法规有所调整。例如，根据《企业中长期外债审核登记管理办法》（国家发展和改革委员会令第56号），企业借用外债的条件、程序、监管和风险防范等内容都有详细的规定。

因此，建议企业在进行外债备案时，密切关注相关政策法规的最新动态，以确保合规办理。