重庆企业中长期外债备案的办理流程主要包括以下几个步骤：

准备申请材料：企业需要准备包括发行外债申请文件、申请报告和重庆市企业发行外债承诺书等材料。如果境外发行本外币债券，申请报告应包含发行人基本情况、债券发行方案、债券发行计划、偿债保障措施、外债风险防控预案等，并附送营业执照副本（复印件）、企业法人代表身份证（复印件）和企业决定发行债券的决策性文件。如果是境外发行公募债券，还需提交发行人或债券增信方国际主体评级报告；如果是借用中长期国际商业贷款，申请报告应包括相关各方概况、贷款方案、资金投向、偿债保障措施、外债风险防控预案等，并附送营业执照副本（复印件）、企业法人代表身份证（复印件）和境外机构出具的贷款协议、贷款承诺函或具有相同法律效力的文件。

提交备案登记申请：拟发行外债的企业，应将准备好的申请材料报送至重庆市发展和改革委员会。市发展改革委在收到企业发行外债申报材料后2个工作日内决定是否予以受理，对于申报材料不齐全或不符合要求的，将告知企业补正或说明不予受理理由。

等待审核：自正式受理之日起7个工作日内，市发展改革委在国家发展改革委授权额度内对企业发行外债予以备案登记，并出具《重庆市企业发行外债规模登记证明》。

外债发行：在外债发行结束10个工作日内，发行人需向市发展改革委报送《重庆市企业发行外债信息报送表》。

办理外债登记和回流、结汇等相关手续：外债发行人凭《重庆市企业发行外债规模登记证明》按规定到有关部门办理相关手续，并严格按照资金用途合理使用外债募集资金，不得挪作他用。

风险管理和诚信建设：外债发行人应统筹考虑汇率、利率、币种以及企业资产负债结构等因素，适当运用金融衍生产品，审慎选择融资工具，合理持有外汇头寸，有效控制风险敞口，确保外债风险控制在自身可承受范围内。

监管和变更：若已获登记的企业发行外债发生重大变化，应向市发展改革委申请变更。企业未能在有效期内完成发行外债造成登记证明文件失效的，原则上可再次申报新的额度，特殊情况可申请延期。