上海企业申请境外直接投资（ODI）备案的流程通常包括以下几个步骤：

前期准备：企业需要进行市场调研、风险评估、明确投资目的，并了解目标国家的法律法规、政治经济环境、市场状况等。

提交申请：企业将准备好的备案材料提交至国家发展和改革委员会（发改委）或地方发改委。

审核与反馈：发改委对申请材料进行审核，内容包括投资项目的合规性、可行性及对国家经济的影响。审核通过后，发改委将出具《境外投资备案确认函》。

外汇登记与资金汇出：企业在获得ODI备案确认函后，需向外汇管理部门进行外汇登记，并在指定银行办理境外直接投资资金汇出手续。

商务部门审核发证：企业还需向商务部门提交申请材料，商务部门审批后将发放《企业境外投资证书》。

在准备备案材料时，企业需要提供的文件可能包括但不限于企业营业执照、资信证明、对外投资设立企业或并购的相关章程、公司相关的董事股东会决议或出资决议、新的审计报告、前期工作落实情况说明（包括尽职调查、可行性报告等）、境外投资真实性承诺书、公司股权架构等. 

请注意，具体的流程和要求可能会根据新的政策和法规有所变化，因此在申请前，企业应详细咨询当地商务主管部门和外汇管理部门，以获取新的指导和要求。同时，企业应确保所有提供的信息和文件的真实性和完整性。